O nome BEABISA representa as iniciais do seu principal acionista (Beatriz Biagi Becker) e da razão administrativa do grupo (Biagi S/A).

O logotipo BEABISA é descrito em uma fonte desenhada exclusivamente para a mesma, que se apresenta entre duas barras e através do ícone B.

A primeira versão da marca BEABISA foi criada em 1989 por João Calabrez e já contemplava os signos atuais. Dez anos depois, em comemoração ao seu aniversário, a marca foi reformulada. Em 2004, passou por uma segunda reestruturação gráfica, tal qual se apresentava até 2009.

O símbolo B é originário de uma marca a fogo utilizada por Walter Becker, profissional marcante do setor e conhecido como um dos responsáveis pelo desenvolvimento da central de inseminação Lagoa da Serra.

Em 2011, foi realizado o projeto de rebrand que modernizou a marca BEABISA e destacou seus valores primordiais (história, responsabilidade técnica e sustentabilidade), bem como o seu conceito de trabalho: Tradição em Melhoramento Ecológico.